ワークフローを2つ以上設定した場合、課金は上乗せされるでしょうか？

上乗せはされません。ワークフローが複数回であっても、読取は1回となります。

例えば、
ワークフロー①：OCR&エントリー
ワークフロー②：エントリー
の設定で読取を実行した場合、ワークフローの数にかかわらず、1リクエストとしてカウントされます。