旧UI でフラグを利用したデータ加工を多数設定しているのですが、New UI に移行すると「条件付き加工設定」に自動で移行されるのでしょうか？

基本的には、条件付き加工設定に自動で移行されます。ただし、「フラグが立っていたら別のフラグを立てる」「フラグAとフラグBが立っていたら処理を実行する」といった、複雑な設定をしている場合はインポートで再現することができません。

インポート後に「ワークフロー検証機能」にて読取テストを行っていただき、旧UI と同様に読み取りができない帳票については、手動で設定をご調整いただければ幸いです。