旧UI ですべての読取項目のワークフロー設定を「OCRのみ」にした帳票を、New UIへインポートするとデータチェックが「適用」になっていますが問題ないでしょうか。

はい、問題ございません。旧UI の読取項目設定で、エントリー（ワークフロー）「OCR」に設定した項目は、New UI にインポートすると、データチェック「適用」かつ、項目別データチェックの「OCRのみ」としてインポートされる仕様でございます。